Hai phương pháp khử trùng nước thường dùng là khử trùng ChLiệu và khử trùng CO2. Phương pháp khử trùng clorat dùng bột tẩy trắng, bột trắng (Phiến đá), cãi vã và khử trùng nước bằng clo. Phương pháp khử trùng khí clo có thể dùng đồng hồ CO2 hoặc những máy tạo CO2 ở trạng thái ổn định để khử trùng.
Bởi vì nguồn nước và chất lượng nước khác nhau, lượng hóa chất điều trị nước uống BSJDJ cần phải khác nhau. Thông thường, lượng thuốc khử trùng trong nước bề mặt lớn hơn lượng nước ngầm, và lượng thuốc khử trùng trong nước giếng cạn lớn hơn lượng nước giếng sâu. Lượng nước khử trùng trước khi thanh lọc lại lớn hơn so với lượng sau khi tẩy rửa. Thông thường, phương pháp khử trùng sau lọc được áp dụng, tức là khử trùng nước với Clo được thêm sau khi xử lý tẩy rửa, như là lọc nước. Có thể sử dụng thiết bị đo hồ hay phóng chậm hay dùng phương pháp khử trùng nước bằng Clo trong hồ sạch, hồ chứa hay hồ nước trước khi cung cấp nước, tức là số lượng clo được thêm được tính dựa trên lượng nước và lượng tử tế Clo của chất khử trùng. Sau đó phân hủy chất khử trùng nước và cho vào nước, trộn nó thật tốt và cung cấp nước sau 30 phút. () Những trường học chưa thiết lập các cơ sở chất cặn, lọc và trữ nước do môi trường hạn chế hay chất lượng nước tốt, và sử dụng nước trực tiếp từ giếng, cũng có thể dùng phương pháp thêm khử trùng vào giếng hay bể chứa. Tính lượng nước giếng theo chiều sâu và đường kính của giếng, hay khả năng của hồ bơi, thêm chất khử trùng nước với Clo vào giếng hoặc hồ mỗi buổi sáng và buổi chiều, lắc nó vài lần với một cái xô sạch hoặc ống tre, và sử dụng nó sau 30 phút.