Việc khử trùng đường đi của nhà vịt mỗi tuần một lần, và nhà vịt và môi trường xung quanh nên được khử trùng hoàn toàn mỗi tháng một lần. Nếu có dịch bệnh ở xung quanh, khử trùng nên được gia tăng. Tùy thuộc tình hình, phải khử trùng hai lần một tuần. Cần phải sử dụng hai hay nhiều thuốc khử trùng ở bệnh viện vịt để không cho vi trùng trở nên có khả năng chống lại thuốc khử trùng.